ساختار هزار خورشید تابان از زبان راوی دانای کل بیان میشود که به گذشته و آینده شخصیتهای داستان آگاه است. کسی که شخصیتی ندارد و تنها داستان را برای جهان بیرون خود بنا به دلیلی تعریف میکند. او صرفاً قصهگویی است که داستان مریم و لیلا دو زنی را که تصادف روزگار در کنار هم قرار داده به تصویر میکشد. آن هم در میان سالهای 1960 تا 2000 میلادی که یکی از حساستری برهههای تاریخ افغانستان بوده است.
همچنان که داستان به پیش میرود، شخصیتها قدم به قدم و گام به گام به دستان افزوده میشوند. گویا ما در دل دالانهای تاریخ با قصری روبرو هستیم که همه عناصر آن به خوبی سرجای خود چیده شدهاند. ابتدا داستان مریم، ننه و جلیل روایت میشود. تعریف میشود که چگونه مریم که در ابتدا درکی از روابط پدر و مادر خود نداشت در روستای کوچکی در بیرون هرات ساکن شده است. ننه، مادر کینهتوز و بداخلاقی که او را حرامی خطاب میکند و پدرش جلیل که با ورودش یکبار در هفته مهربانی و محبت را به مریم هدیه میدهد. تعریفی که خیلی زود خدشهدار میشود.
و لیلا که سرگذشت درآماتیک او در کتاب یکی داستانی است پرآب چشم. دختری که همه خانواده خود را از دست داده و اینک در فراق یار خود، طارق، میسوزد. کسی که به ناچار قدم در راه مهاجرت به پاکستان گذاشته است و خبر مرگ او را قاصدی ناشناس برای او میآورد. خبری که در پایان مشخص میشود ...